Avec ses îles entourées d’eau d’un vert turquoise, le panorama de l’estuaire moyen est parmi les plus beaux du Saint-Laurent. Les nombreux phares, érigés sur les rives rocheuses, complètent le paysage. Pour les harengs, capelans, oiseaux, phoques et bélugas, l’estuaire moyen offre des habitats propices à la reproduction, l’alimentation et le repos, ce qui en fait, pour ces espèces, la « pouponnière du parc marin ».

L’hiver, il est un lieu de prédilection pour les oiseaux, en particulier pour le Garrot d’Islande. Ce secteur occupe 53 % de la superficie du parc marin. Il est caractérisé par ses fortes marées, ses eaux relativement bien mélangées, ses grandes battures et ses îles.