C’est le secteur le plus populaire du parc marin! Chaque été, baleines, phoques et oiseaux viennent profiter de la manne de petits poissons et de plancton qui s’offre à eux. C’est aussi l’endroit où vont la majorité des bateaux d’excursion pour observer les mammifères marins et un secteur apprécié des amateurs de kayak de mer.

L’estuaire maritime occupe 30 % de la superficie du parc marin. Sa topographie sous-marine est profondément marquée par le chenal Laurentien, lequel longe la rive nord. C’est par celui-ci que les eaux salées en provenance de l’océan Atlantique pénètrent dans l’estuaire maritime.