Ses eaux sombres et bordées de falaises vertigineuses donnent au fjord du Saguenay un air mystérieux. À la fois mer et rivière, il est envahi par l’eau froide et salée de l’estuaire du Saint-Laurent en profondeur, tandis qu’en surface coule l’eau douce et plus chaude provenant des rivières affluentes et du lac Saint-Jean.
Ce secteur couvre 17% de la superficie du parc. Classé parmi les plus longs au monde, le fjord du Saguenay s’étend sur 105 km. Il est formé de 3 bassins délimités par des seuils, dont un peu profond (20 m) à 7 km de l’embouchure. À marée montante, le Saguenay bénéficie de la richesse de l’estuaire maritime par les apports d’eaux salées froides bien oxygénées et chargées de plancton qui insufflent la vie jusque dans les plus grandes profondeurs du fjord.